Nommé à Argentan (Orne) en 1942, il fait volontairement dérailler une locomotive en gare : ce qui lui vaut un blâme et une mutation à Caen, fin 1943. Armand Huet s'engage dans la Résistance au sein du réseau Le Courrier de Londres, mais travaille également avec les mouvements OCM et Libération-Nord et le réseau Cohors-Asturies, en liaison avec Alexis Lelièvre . Grâce aux opportunités que lui offre sa profession, il relève de nombreux renseignements sur les défenses allemandes lors de ses déplacements.

Au cours de l'été 1943, Armand Huet s'élève résolument au sein de la CFTC, divisée sur ce point, contre la mise en place de syndicats uniques, comme le souhaite le gouvernement de Vichy, au nom de la défense du pluralisme syndical.

En février 1944, le Comité national des organisations syndicales chrétiennes lui confie la mission de faire une tournée dans les principales villes de l'Ouest, afin de relancer l'action de la CFTC et de rechercher les responsables susceptibles de représenter l'organisation syndicale dans les Comités départementaux et locaux de libération alors en formation. Sous son impulsion, les structures locales et départementales fonctionnent à nouveau au début de"l'automne 1944. Le premier congrès de l'UD-CFTC se tient à Caen en mars 1945. Cependant, malgré le doublement de ses effectifs par rapport à l'avant-guerre et ses 5 000 adhérents, le syndicalisme chrétien reste nettement minoritaire.

Armand Huet siège lui-même, comme représentant de la CFTC, au sein du Comité départemental de libération du Calvados, après sa sortie de la clandestinité, en juillet 1944. II devient également secrétaire de l'Union départementale, en remplacement d'Émile Garnier (22 ans en 1940, ouvrier d'usine - Organisation : Arc-en-Ciel - Domicile : Vire), et le restera jusqu'en 1953.